货代开具的免税发票是否影响出口退税？

不影响，根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）规定，经纪代理服务（包括货物运输代理、代理报关）属于现代服务中的商务辅助服务，适用增值税6%税率。纳税人提供的直接或者间接国际货物运输代理服务免征增值税。