典型案例 揭示中医药企业常见税务风险

安徽省亳州市素有“中华药都”之称。截至目前，亳州市共有各类中医药企业8000余家，拥有全国唯一的国家级中药材检验检测中心和中药材技术性贸易措施研究评议基地。据统计，2024年，亳州市中药材种植面积127.1万亩，产值47.64亿元，其中标准化种植面积50.07万亩，增长8.52%；现代中医药产业规模达2102.6亿元，增长11.9%；其中，规上医药制造业产值502亿元、增长10.9%。在此背景下，国家税务总局亳州市税务局组建服务中医药产业高质量发展工作专班，印制了《支持中医药产业高质量发展税费优惠政策指引》，提醒企业在生产经营过程中可能面临的税务风险，梳理形成了一批典型案例。 中药材种植企业： 合规开具农产品免税发票 ◎典型案例◎ A公司主要从事中草药材种植和销售业务，为增值税一般纳税人。A公司认为，公司销售自己种植的亳白芍属于销售自产农产品，可以开具增值税免税发票。因此，A公司财税人员在开具发票时，选择的增值税税率为零。A公司的客户收到A公司发票后，发现不能在电子税务局勾选抵扣。通过12366纳税缴费服务热线咨询后了解到，A公司在开具发票时，未选择“自产农产品销售”特定业务，导致其客户无法在电子税务局“抵扣勾选”模块里找到该发票，也就不能按规定计算抵扣进项税额。此后，A公司将对应的发票进行了红冲处理，重新开具了带有“自产农产品销售”字样的发票。 ◎分析建议◎ 根据增值税暂行条例第十五条，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。增值税暂行条例实施细则第三十五条进一步明确，农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业；农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人；农产品，是指初级农产品。据此，从事中草药材种植的纳税人销售其种植的中草药材，可以享受增值税免税优惠。2026年即将施行的《中华人民共和国增值税法》第二十四条，仍然延续了农业生产者销售的自产农产品免征增值税的规定。 案例中，A公司虽然符合享受增值税免税优惠的条件，但是混淆了免税发票和零税率发票的概念。根据《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。后期又通过两次调整，扣除率从11%降至9%。A公司在开具发票时，应当选择特定业务类型为“自产农产品销售”。这样，下游企业才能按照发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算抵扣进项税额。 实务中，处在中草药材产业链上游的纳税人主要是农户、种植合作社、种植企业等，对税收政策和开票规范的了解相对较少，有些纳税人误以为“免税”就是“0%税率”，进而出现将免税发票错开成零税率发票的问题。需要提醒的是，部分纳税人缺乏法律意识，注册虚假种植企业虚开自产农产品免税销售发票，将引发虚开发票风险。对此，亳州市税务部门制作了全税（费）种的《农产品税收护航政策汇编》等政策宣传辅导材料，并积极探索“基层村集体+基层税务分局”“2＋共治”新模式，充分发挥基层税务分局的作用，推进其与村民委员会、集体经济组织、农民合作组织的对接，引导经济合作组织建立或实施亩均产值清单、购销台账、购销信息公示、重点产品抽样复核，有效增强涉农行业的服务和管理能力，尽可能从源头降低中草药材种植产业涉税风险。 中药材商贸企业： 规范取得农产品收购发票 ◎典型案例◎ B公司主要从事中药材购销业务，为增值税一般纳税人。2025年，B公司为自然人甲某开具农产品收购发票59张，价税合计近650万元。税务部门在开展大额农产品收购发票核查工作时发现，B公司为甲某开具的发票金额明显偏大，与甲某的日常种植能力不符。税务部门进一步核查B公司银行流水信息发现，B公司与甲某存在资金往来。通过对甲某的问询，确认甲某实际为中药材收购中间商，并非销售自产农产品的农业生产者。 甲某作为中间商，而非销售自产农产品的自然人，不符合农产品收购发票的开具对象要求。因此，B公司向其开具的农产品收购发票不符合政策要求，相应的增值税进项税额不得抵扣，其对应成本也不得在企业所得税税前扣除。最终，B公司需要对已经抵扣的60余万元增值税进项税额作转出处理，并由甲某按规定重新开具发票，作为企业所得税税前扣除凭证。同时，税务部门对B公司实施发票额度动态授信监管，防范其虚开农产品收购发票的风险。 ◎分析建议◎ 根据发票管理办法规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。农产品收购发票属于增值税扣税凭证的一种，是在收购单位向农业生产者个人（不包括从事农产品收购的个体经营者）收购自产免税农业产品时，由付款方向收款方开具的发票。 根据现行增值税政策规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，可按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率，计算抵扣增值税进项税额（国务院另有规定的除外）。具体计算公式为：进项税额=买价×扣除率。也就是说，在收购环节，中药材收购企业如果按规定开具了农产品收购发票，可以按照9%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。 实务中，中药材收购企业在收购环节，面临的与发票开具相关的税务风险主要有两类。一类风险是农产品收购发票开具不规范，即收购业务虽然真实发生，但是销售方并非农业生产者，而是中间商或流通企业。根据现行政策，收购方应取得销售方开具的增值税专用发票或普通发票，不得自行开具农产品收购发票。本案例中，甲某作为中间商，先行从农户或中药材种植企业处收购了中药材，再将中药材销售给收购企业B公司。此时，甲某的行为不属于农业生产者销售自产中药材，B公司不得向其开具农产品收购发票。另一类风险是，收购方虚开农产品收购发票，即业务未真实发生，中药材收购方冒用、假借农户身份虚开农产品收购发票。此类行为属于虚开发票行为，相关主体除进项税额不得抵扣、成本不得税前扣除外，情节严重的还可能被移送司法机关，承担刑事责任。 针对中药材收购环节涉及的发票问题，亳州市税务部门与当地农业农村部门、107个村委会签订协同共治协议，2024年以来推动1020名农户加入专业生产合作社，合作社为618名农户销售农产品开具了3019笔自产农产品免税销售发票，合计销售金额超过2400万元，从源头规范了农产品销售开票行为。 发票管理办法明确规定，违反规定虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。非法代开发票的，依照前款规定处罚。同时，农产品收购发票，仅限于收购单位向农业生产者个人收购《农业产品征税范围注释》列举的自产免税农产品时使用，不允许向其他非农业生产者开具。中药材收购企业在收购中药材时，应准确甄别销售方身份，合规选择开具农产品收购发票或取得中间商开具的销售发票，确保进项税额抵扣合规、税前扣除凭证合法有效。 中药饮片加工企业： 核定扣除也须取得相应发票 ◎典型案例◎ C公司主要从事中药饮片加工业务，纳入了增值税一般纳税人农产品核定扣除试点。2025年，C公司认为自己已经纳入核定扣除试点，购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额。因此，C公司购进农产品时未取得发票。税务部门在开展核定扣除企业风险排查工作时发现，C公司取得的增值税进项发票数量较少，与生产经营情况明显不符。在税务部门的提示和辅导下，C公司重新取得了购进农产品的相应发票。 ◎分析建议◎ 根据《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号附件1），试点纳税人购进农产品不再按票面税额抵扣，而是按核定计算方法确定可抵扣的增值税进项税额，购进除农产品以外的货物、应税劳务和应税服务，其增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。需要提醒的是，企业所得税税前扣除必须以合法有效发票等税前扣除凭证为依据。因此，对于纳入试点的纳税人而言，“不再凭票抵扣”不等于“无需取得发票”。 同时，税收征收管理法规定，单位、个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得发票。发票管理办法明确，所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动时支付款项，应当向收款方取得发票。纳入核定扣除试点的纳税人，仍应当遵循上述征管规定，在购入农产品时取得相应的发票。这里所说的发票，包括增值税专用发票、农产品收购发票、海关进口增值税专用缴款书、自开或代开的普通发票等各种合规的纸质和电子发票。 笔者提醒，核定扣除试点纳税人，还需要留存运输、质检、资金支付等相关资料，以证明交易真实性，防范核定扣除指标偏高、虚构销售、虚开发票等风险。 中成药制造企业： 防范虚增服务费风险 ◎典型案例◎ D公司主要从事中成药制造业务，为增值税一般纳税人，主要生产片剂、硬胶囊剂、滴丸剂等。2024年，D公司销售收入6.3亿元，销售产品多为中成药胶囊、中成药丸剂；取得发票5.9亿元，多为现代服务费、咨询服务费。税务部门在开展风险排查工作时发现，D公司取得的服务费发票过高，可能存在虚增销售费用情况。经过风险核查，确认D公司存在虚增销售费用的问题。最终，D公司补缴企业所得税税款及滞纳金共90余万元。 ◎分析建议◎ 2016年12月26日，国务院医改办等8部门联合印发《关于在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”的实施意见（试行）》，标志着公立医院在药品采购中实行“两票制”逐步推向全国。 医药企业“两票制”，是指药品从药厂卖到一级经销商开一次发票，经销商卖到医院再开一次发票，以“两票”替代以前常见的七票、八票，减少流通环节的层层盘剥，进一步降低药品虚高价格，减轻群众用药负担，并且每个品种的一级经销商不得超过2个。医药行业“两票制”改革，旨在压缩流通环节、降低虚高药价，但一些医药企业通过虚增服务费的方式降低税负，增加税务合规风险。 “两票制”改革实施后，原有多级经销环节的“过票”环节被切断，药企为支付医生回扣、医院公关等灰色支出，于是转而以“咨询费”“会议费”“推广费”等名义虚增销售费用。大量“医药咨询公司”常因无真实业务支撑，存在资金回流现象，被认定为“空壳公司”。需要提醒的是，目前，医药行业是税务、公安、药监等多部门联合稽查的重点领域。对此，建议医药企业尽快自查自纠，重点核查会议费、推广费、咨询费的真实性、合理性及资金流水，避免虚开发票与商业贿赂；加强内部控制和合规机制建设，确保业务、票据、资金三流一致，切实防范税务风险。 （作者系国家税务总局亳州市税务局党委委员、副局长，第六批全国税务领军人才）